Chương trình Giám sát và ứng phó các bệnh mới nổi (ESR) cung cấp tư vấn kỹ thuât cho các Khoa, phòng xét nghiệm và bệnh viện có trách nhiệm đánh giá dịch tễ hay nguy cơ lâm sàng.

Hoạt động của Chương trình ESR tập trung vào giám sát và ứng phó để củng cố các năng lực cốt lõi của quốc gia nhằm phòng ngừa, phát hiện và ứng phó với các nguy cơ bệnh truyền nhiễm mới nổi, trong đó có bệnh tay –chân – miệng, cúm A và đại dịch cúm. Hỗ trợ kỹ thuật đó đã giúp Việt Nam đạt được một số mốc quan trọng trong y tế công cộng bao gồm: xây dựng, triển khai và duy trì Chương trình Đào tạo dịch tễ hoc thực địa (FETP); củng cố các hệ thống giám sát và ứng phó của quốc gia; triển khai thực hiện các qui định pháp luật mới về an toàn vệ sinh thực phẩm; tăng cường năng lực chẩn đoán của phòng xét nghiệm, và xây dựng Kế hoạch tổng thể Dự phòng và Kiểm soát bệnh truyền nhiễm.

Trong khuôn khổ Chương trình ESR, Bộ Y tế cũng được hỗ trợ xây dựng và triển khai thực hiện kế hoạch hành động quốc gia ứng phó với tình huống khẩn cấp về y tế. Các hoạt động nhân đạo khẩn cấp trong khuôn khổ chương trình ESR tập trung vào công tác xây dựng chính sách và hướng dẫn về các tình huống khẩn cấp về y tế và quản lý thông tin tình huống khẩn cấp về y tế, củng cố năng lực của cán bộ y tế trong việc nâng cao nhận thức của công chúng và cải thiện thông tin về các trường hợp khẩn cấp về y tế. Chương trình ESR làm việc để tăng cường sự hợp tác giữa ngành y tế của các nước với các tổ chức phi chính phủ quốc tế (INGOs), các tổ chức phi chính phủ địa phương (LNGOs), các cơ quan của LHQ và các nhà tài trợ