Về nghiên cứu về giám sát và phòng chống các bệnh nhiễm trùng:

• Nghiên cứu các biện pháp can thiệp chủ động tích cực đối với các bệnh đường ruột: tả, lỵ, thương hàn tại Đồng bằng sông Cửu Long (đề tài cấp Nhà nước KC10.11 do PGS. TS. Nguyễn Thị Kim Tiến làm chủ nhiệm).
• Nghiên cứu các mô hình phòng chống SXH dựa vào cộng đồng: mô hình chiến dịch diệt lăng quăng, mô hình cộng tác viên, mô hình sử dụng mesocyclop.
• Nghiên cứu các chỉ số dự báo dịch tả ở Đồng bằng sông Cửu Long, xây dựng phần mềm quản lý số liệu dịch tễ khí tượng thủy văn, địa lý.
• Nghiên cứu dịch tễ học, vi rút học về sốt xuất huyết dengue, chuẩn bị cho dự án thử nghiệm vắc xin ngừa SXH dengue tại Việt Nam.

• Nghiên cứu mô hình can thiệp phòng lây nhiễm HIV do sử dụng ma túy dựa vào cộng đồng và giáo dục đồng đẳng ở miền Nam.
• Nghiên cứu phần mềm ứng dụng cho thống kê báo cáo các bệnh truyền nhiễm.
• Ứng dụng hệ thống PASTEUR-NET vào trong giám sát thống kê 24 bệnh nhiễm từ 20 tỉnh thành.
• Nghiên cứu xây dựng hệ thống cảnh báo dịch sớm dựa vào các triệu chứng lâm sàng từ các bệnh viện (EWORS).

Chỉ đạo giám sát, phòng chống các bệnh truyền nhiễm và các chương trình mục tiêu quốc gia:

• Tiếp tục duy trì việc giám sát, khống chế bệnh dịch hạch, hơn 7 năm qua (từ 1998) không phát hiện trường hợp mắc bệnh nào trong khu vực.
• Khống chế tốt dịch tả, thương hàn, các bệnh đường ruột.
• Giám sát và góp phần khống chế thành công dịch cúm A/H5N1.
• Giám sát tốt bệnh SARS, không để dịch SARS bùng phát tại khu vực phía Nam.
• Giám sát liệt mềm cấp, củng cố và phát triển phòng thí nghiệm vi rút đường ruột, góp phần duy trì kết quả thanh toán bại liệt.
• Hoàn thành tốt việc chỉ đạo thực hiện các chương trình mục tiêu quốc gia như tiêm chủng mở rộng, giám sát, phòng chống HIV/AIDS, phòng chống Sốt Xuất Huyết Dengue: Năm 2005, Việt nam được công nhận đã loại trừ uốn ván sơ sinh. Tỉ lệ chết do sốt xuất huyết dengue trong 5 năm thực hiện chương trình mục tiêu quốc gia đã giảm được 60%, tỉ lệ mắc SXH cũng giảm 25%..
  
  

PGS.TS.Trịnh Quân Huấn cùng Viện trrưởng Viện Pasteur TP.HCM chỉ đạo diễn tập phòng chống cúm A/H5N1 tại cộng đồng	Lớp tập huấn “Giám sát các bệnh trong chương trình TCMR” tổ chức ngày 6-7/6/06